截至2024年3月，研究所在职职工232人，其中，中国工程院院士2人，正高级专业技术职称人员75人，副高级专业技术人员74人，博士生导师77人，国家级人才项目入选者34人；另有研究生、博士后、访问学者、科辅人员等900余人。设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，有生物学、畜牧学、兽医学、草学四个博士授权点。在全国第四轮学科评估中，牧医所牵头组织参评的畜牧学评估结果为A+，在第五轮学科评估中继续保持优势。
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牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，21个科技创新研究团队，其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。