建所以来，牧医所先后承担各类项目课题近千项，累计取得获奖成果150余项，包括国家技术发明和科技进步二等奖的成果24项，省部级奖励133余项。获审定品种40个，登记著作权软件190余个，国家专利授权460余项，其中发明专利260项，发表学术论文4300余篇，出版著作310余部。（数据更新时间：2021年11月）
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牧医所设有动物遗传资源与育种、动物生物技术与繁殖、动物营养与饲料、草业科学、动物医学和畜产品质量与安全6大学科，21个科技创新研究团队，其中入选科技部重点领域创新团队、中华农业科技奖优秀创新团队、全国专业技术人才先进集体等称号13项。